A küzdelmekkel és keserűséggel terhes évek lezárultak. Béres József fáradhatatlanul dolgozott tovább, folyamatosan kutatott, de végre nem a támadások kereszttüzében, hanem teljes nyugalomban.
Béres József életének utolsó évtizede az elismerésekről és megbecsülésről szólt, a szakma és a közélet már nemcsak egyszerűen elfogadta, hanem ünnepelte munkásságát. 1997-ben a Magyar Köztársasági Érdemrend Tisztikeresztjével tüntették ki.
1999-ben Szirtfoknak lenni címmel Béres Klára könyvet írt életéről. A képekkel gazdagon illusztrált életrajzi mű hiteles lenyomata a küldetését betöltő, elhivatott kutatónak, aki valóban olyan, mint a szirtfok, mely a vihar támadását, a szelek, vizek mardosását is szilárdan állja. 2010-ben Cseppben az élet címmel elkészült a korábbi kötet bővített kiadása.
Az ezredfordulón a Béres Rt.-t szavazták meg az Évezred Vállalatának, a “2000 magyar” elnevezésű országos szavazáson pedig Béres Józsefet az ötödik legnépszerűbb magyarrá választották. 2000-ben, a 80. születésnapja előtt pár nappal csillogó korona került a kutató életművére: a Béres Cseppet az Országos Gyógyszerészeti Intézet gyógyszerré minősítette. A Béres Csepp azzá vált, aminek született: gyógyító szerré.
A 80 éves tudós előtti főhajtásként készült el Mészáros Miklós Vadócba rózsát… című portréfilmje. A születésnaphoz kötődik még mellszobrának elkészítése, mely jó barátjának, Búza Barna szobrászművésznek az alkotása.
A fény mellett sajnos ott lapul mindig az árnyék is. Béres Józsefet nagy veszteség érte, amikor 53 évnyi házasság után elhunyt szeretett felesége, társa, aki mindig mellette állt, mindenben támogatta és segítette.
A Béres Csepp 30 éves évfordulóján, 2002-ben újabb dokumentumfilm készült a cseppekről. Mészáros Miklós Az utolsó szó után… című művében olyan egykori betegek is megszólaltak, akik már az első Béres filmben, 26 évvel korábban is szerepeltek. A 30 éves Béres Csepp tiszteletére a Béres Gyógyszergyár Én és a Béres Csepp néven országos pályázatot hirdetett. Óriási levélözön érkezett, melyek egy könyv formájában, Kapaszkodó néven kiadásra kerültek.
2002-ben id. dr. Béres József életének, munkásságának rehabilitációja is megtörtént, amikor megkapta az ország tudósainak járó legrangosabb elismerést, a Széchenyi-díjat.
Büszkeséggel fogadta, amikor 2005-ben a Történelmi Vitézi Rend tagjai közé választotta, a hadszíntereken, illetve a nemzet szabadságáért vívott harcokban mutatott hősies magatartásáért. Halála előtt néhány héttel a Vitézi Rend a magyarságnak tett szolgálatáért Arany Nemzetvédelmi Kereszttel is kitüntette.
A kutató 2006. március 26-án, 86 évesen, békében, megelégedett emberként távozott az élők sorából. Szobra ma méltán áll az ország legnagyobb gyógyítói sorában a Semmelweis Orvostörténeti Múzeumban.
Életszeretete, küzdelme és kitartása példa mindnyájunk számára. Élete arra tanít, hogy embertársainkat szolgálni jó dolog, hogy a világot becsülni és szeretni kell, hogy kitartó, rendületlen munkával eredményt érhetünk el.
